按其發展及成像構造分類：可大體分為3大類：硬管式內鏡、光學纖維（軟管式）內鏡和電子內鏡。
按其功能分類：
1、用于消化道的內鏡：硬管式食道鏡；纖維食道鏡；電子食道鏡；超聲電子食道鏡、纖維胃鏡、電子胃鏡、超聲電子胃鏡、纖維十二指腸鏡、電子十二指腸鏡、纖維小腸鏡、電子小腸鏡、纖維結腸鏡、電子結腸鏡、纖維乙狀結腸鏡和直腸鏡。
2、用于呼吸系統的內鏡：硬管式喉鏡、纖維喉鏡、電子喉鏡、纖維支氣管鏡、電子支氣管鏡、胸腔鏡和縱隔鏡。
3、用于腹膜腔的內鏡：有硬管式、光學纖維式、電子手術式腹腔鏡。
4、用于膽道的內鏡：硬管式膽道鏡、纖維膽道鏡、電子膽道鏡、和子母式膽道鏡。
5、用于泌尿系的內鏡：（1）膀胱鏡：可分為檢查用膀胱鏡、輸尿管插管用膀胱鏡、手術用膀胱鏡、示教用膀胱鏡、攝影用膀胱鏡、小兒膀胱鏡和女性膀胱鏡。（2）輸尿管鏡。（3）腎鏡。
6、用于婦科的內鏡：陰道鏡和宮腔鏡。
7、用于血管的內鏡：血管內腔鏡。
8、用于關節的內鏡：關節腔鏡。
纖維內窺鏡
纖維內窺鏡系統由內窺鏡鏡體和冷光源兩部分組成，鏡體內有兩條光導纖維束：一條叫光束，它是用來將冷光源產生的光線傳導到被觀測的物體表面，將被觀測物表面照亮；另一條叫像束，它是把數萬根直徑在1微米以下的光導纖維按一行一行順序排列成一束，一端對準目鏡，另一端通過物鏡片對準被觀測物表面，醫生通過目鏡能夠非常直觀地看到臟器表面的情況，便于及時準確地診斷病情。例如，借助內窺鏡醫生可以觀察胃內的潰瘍或腫瘤，據此制定出最佳的治療方案。
傳導圖像的纖維束構成了纖維內鏡的核心部分，它由數萬根極細的玻璃纖維組成，根據光學的全反射原理，所有玻璃纖維外面必須再被覆一層折射率較低的膜，以保證所有內芯纖維傳導的光線都能發生全反射。單根纖維的傳遞只能產生一個光點，要想看到圖像，就必須把大量的纖維集成束，要想把圖像傳遞到另一端也成同樣的圖像，就必須使每一根纖維在其兩端所排列的位置相同，稱為導像束。纖維內窺鏡通常有兩個玻璃纖維管，光通過其中之一進入體內，醫生通過另一個管或通過一個攝像機來進行觀察。1981年，內窺鏡超聲波技術研制成功，這種把先進的超聲波技術與內窺鏡結合在一起的新發展，大大增加了對病變診斷的準確性。有此手術可以用內窺鏡和激光來做，內窺鏡的光導纖維能輸送激光束，燒灼贅生物或腫瘤，封閉出血的血管。
電子內窺鏡
隨著電子學和數字視頻技術的發展，于20世紀80年代出現了電子內窺鏡，這樣便不再以光纖傳像，而代之以光敏集成電路攝像系統，主要所能顯示的不但影像質量好，光亮度強，而且圖像大，可以檢查出更細小的病變，而且電子內窺鏡的外徑更細，圖像更加清晰和直觀，操作方便。有些內窺鏡甚至還有微型集成電路傳感器，將所觀察到的信息反饋給計算機。它不但能獲得組織器官形態學的診斷信息，而且也能對組織器官各種生理機能進行測定。電子內窺鏡構造與纖維內鏡構造基本相同，簡單可理解為用CCD代替了導像束，很多功能是纖維內鏡不能企及的。電子內窺鏡與纖維內窺鏡相比最大的不同之處是用被稱為微型圖像傳感器的CCD器件取代了光導纖維傳像束。